Marzo de 2007 había sido un mes agitado, como todos los comienzos de clases. El Ministro de Educación Daniel Filmus había decretado a principios de 2007 un aumento de sueldos para los docentes de todo el país que fijaba un piso salarial de 1.040 pesos. Pero esa suba no había sido acordada previamente con las provincias y varios gobiernos no lograron cubrir la cifra, por lo cual gremios de Santa Cruz, Neuquén y Tierra del Fuego llevaron adelante huelgas y marchas para reclamar el aumento.
El 4 de abril de 2007 marcó un punto de inflexión en el proyecto presidencial de Sobisch. Ese día, el mandatario ordenó desalojar una ruta cortada por una manifestación de maestros que reclamaban mayores salarios y un policía provincial mató al maestro Carlos Fuentealba, con un disparo de una granada de gas lacrimógeno a la cabeza.
El hecho provocó numerosas protestas en todo el país, Sobisch reconoció que había exigido la reapertura de la carretera, pero negó tener responsabilidad sobre lo que calificó de «un hecho desgraciado», ajeno absolutamente a su voluntad.
La muerte de Fuentealba representó un alto costo político para el mandatario y marcó su futuro. Hasta ese momento había sido gobernador durante tres períodos y proyectaba disputar con Mauricio Macri quién encabezaría una fórmula presidencial común para las elecciones de octubre.
El fuerte impacto negativo del asesinato alejó a Macri del gobernador y le obligó a recluirse en su distrito para evitar un juicio político reclamado por la oposición para desalojarlo del gobierno.
Tras varios meses de ostracismo de la política nacional, Sobisch abandonó toda esperanza de constituir un frente con la alianza PRO y entró en negociaciones con el peronismo disidente de Alberto Rodríguez Saá, Carlos Menem y Ramón Puerta, con quienes finalmente cortó amarras para presentarse en fórmula propia con el escritor justicialista, Jorge Asís.
Jorge Sobisch buscó trasmitir la imagen de un buen administrador, advirtió que sería duro con los desbordes callejeros, mostró una provincia ordenada y criticó casi todas las políticas del presidente Néstor Kirchner, desde la estrategia económica y el trato brindado a las provincias, como los planes Jefes de Hogar y las marchas de protestas con interrupciones del tránsito.
En sus últimos mensajes, Sobisch calificó de «fascismo» el proyecto de Pacto Social que proponía la entonces candidata oficialista, Cristina Fernández. Los mayores esfuerzos de la campaña estuvieron puestos en reducir el impacto de las críticas gremiales y políticas desde su costado izquierdo, y la ignorancia que le profesa el gobierno nacional a sus propuestas electorales.
Tras el asesinato del docente, se multiplicaron las manifestaciones en repudio al crimen y hasta las centrales gremiales de la CGT y la CTA se unieron en un documento para convocar a un paro nacional.
Las protestas protagonizadas por los docentes en Neuquén en repudio al crimen pusieron en jaque a la gestión de Sobisch, quien eludió pedidos de juicio político y resistió en su cargo los embates de los gremios, la Nación y la dirigencia opositora, aunque debió reorganizar su gabinete en el área de seguridad y echar a los jefes policiales. Desde entonces, familiares de Fuentealba y sindicalistas piden su enjuiciamiento como responsable de la represión que derivó en la muerte del docente. El entonces presidente Néstor Kirchner dijo que se trató de un «fusilamiento» y sin nombrar a Sobisch, con quien mantenía un vínculo cercano desde sus gobiernos en Santa Cruz, enmarcó al crimen en una «demostración de la doctrina de seguridad nacional dos», en alusión a la estrategia de la dictadura militar para sustentar la represión ilegal.
Sobisch, por su parte, calificaba a Kirchner y sus ministros de «perversos» por querer «sacar rédito político del crimen» y «agitar el clima social» en la provincia.
En forma paralela a los cruces políticos, la docencia llevó adelante en Neuquén una huelga de 54 días y en Santa Cruz hubo solo 14 días de clases hasta fines de abril.
El 28 de octubre por la noche, Sobisch asimiló su derrota electoral a manos de Cristina Fernández de Kirchner y admitió que el suyo era «el quinto puesto».
